메뉴 건너뛰기

[26] SNP, InDel 개수

jhan 2017.01.17 14:15 조회 수 : 21

SNP: 103

InDel: 11

 

  1 #!/usr/bin/python                                                     

  2 

  3 import sys

  4 

  5 def calcVCF(fVCF):

  6     iSNP, iInDel = 0,0

  7     with open(fVCF,'r') as fr:

  8         for line in fr:

  9             if line.startswith("#"):

 10                 pass

 11             else:

 12                 lLine = line.split("\t")

 13                 sRef  = lLine[3]

 14                 sAlt  = lLine[4]

 15                 if len(sRef) == len(sAlt): ## SNP CASE

 16                     iSNP += 1

 17                 else: ## INDEL CASE

 18                     iInDel += 1

 19     print "SNP:", iSNP

 20     print "InDel:", iInDel

 21 

 22 def main():

 23     fVCF = sys.argv[1]

 24     calcVCF(fVCF)

 25 

 26 main()

위로