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[39] chr 별로 bed 길이 계산

jhan 2017.01.17 16:50 조회 수 : 25

#!/usr/bin/python

 

import sys

 

def calcBed(fBed):

    dSum = {}

    #iSum = 0

    #chr    str end

    with open(fBed) as fr:

        for line in fr:

            lLine = line.strip().split("\t")

            sChr   = lLine[0]

            iStart = int(lLine[1])

            iEnd   = int(lLine[2])

            #iSum += iEnd-iStart             

            try:

                dSum[sChr] += iEnd - iStart

            except KeyError:

                dSum[sChr] = iEnd - iStart

    print dSum

 

def main():

    fBed = sys.argv[1]

    calcBed(fBed)

main()

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